Spirosoma linguale

Секвенирование генома.
Этот организм был выбран для секвенирования на основе своего филогенетического положения, и является частью проекта Genomic Encyclopedia Bacteria and Archaea(Геномная Энциклопедия Бактерий и Архей(GEBA)). Секвенирование, сборка и аннотации были выполнены DOE(Министерство энергетики США) JGI(Совместный институт генома).
Информация о секвенировании генома

Секвенирование генома и сборки.
Последовательность генома, использует комбинацию Сэнгер и 454 платформы секвенирования. Все общие аспекты сборки и последовательности можно найти на http://www.jgi.doe.gov/.

Аннотация генома
Гены были определены с использованием функции Prodigal, являющийся частью автоматизированной системы аннотации генома the Oak Ridge National Laboratory(Окриджской национальной лаборатории).

Свойства генома
Геном состоит из хромосомы, содержащей 8078757 пар нуклеотидов и из восьми плазмид длины от 6072 до 189 452 п.н. (таблица и рисунок). Из 7129 определенных генов, 7069 были белок-кодирующими генами, РНК и 60; 131 псевдогенов были также идентифицированы. Большинство белок-кодирующих генов (61,5%) имели предполагаемую функцию, в то время как остальные, были аннотированные как гипотетические белки. Гены входящие в категорию COG можно увидеть тут.

Таксономия